二級生物安全柜使用HEPA過濾，層流氣流，以提供操作者，環境和樣品的保護。出于無菌的目的，對于0.3微米大小的顆粒，HEPA過濾器的效率通常為99.99+％。

　　典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染;但是，由于以下幾個原因，不建議在生物安全柜內使用這種明火：

　　1.二級生物安全柜通過在機柜的工作區域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產生湍流并阻礙生物安全柜保護工作區域樣品的能力。

　　2.如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質保持在其框架上。這破壞了HEPA過濾器的有效性，導致正壓通風系統中的安全殼損失。

　　3.如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環（見下面的視頻），可燃氣體的濃度可能達到爆炸性潛力，不僅對生物安全柜，而且對用戶和實驗室構成嚴重風險它占據了。

　　4.美國疾病控制和預防中心（CDC）和國家衛生研究院（NIH）也在出版物中闡述了這一點：微生物和生物醫學實驗室的生物安全。

　　在二級生物安全柜中工作時，可以采取一些措施來減少材料交叉污染的可能性。打開的管子或瓶子不應垂直放置。使用培養皿和組織培養板的研究人員應將蓋子保持在開放的無菌表面上方，以zui大限度地減少向下空氣的直接沖擊。不應將瓶蓋或管帽放在毛巾上。物品應盡快重新蓋上或蓋好。

　　在生物安全柜的近乎無微生物的環境中不需要明火。在開放式工作臺上，燃燒培養容器的頸部將產生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，生物安全柜中的明火產生湍流，破壞了供應到工作表面的HEPA過濾空氣的模式。當認為必要時，可以使用配備有指示燈以按需提供火焰的觸摸板微型燃燒器。內部機柜空氣擾動和熱量積累將小化。工作完成后必須關閉燃燒器。小型電動“爐”可用于凈化細菌環和針，并且優于生物安全柜內的明火。二級生物安全柜應盡可能使用一次性或可回收的無菌環。